Matrix yazılım teknolojilerinin çok gelişmesi ile tüm dünyayı saran bir ağ içine giriş demektir. Matrix okadar benimsenmiştir ki dünya artık bir donanın ve insanlar birer pile dönüşmüştür. Ancak Matrix adlı aşırı gelişmiş yazılımın algıyamadığı bir pil oluşmuştur bu pil Neo'dur, ve bu aşamada insan makine savaşı başlar...